Malgrat que es tracta d'una població petita, la història és força antiga, ja que el pas natural de la riera de Marçà ha estat sempre punt de pas entre l’Ebre i el Camp. L'historiador Asens especulà amb la possibilitat de l'existència d'un castrum o campament romà al lloc on avui hi ha la Torre.

Originàriament, la població estava situada en un barranc conegut amb el nom de "Fontes Aubelles", on encara avui hi resten unes ruïnes conegudes com "Les Casotes", construccions pastorils fetes amb pedra seca. Al lloc on avui hi ha el poble existia La Torre de Rafolí, atribuïda al temps dels moros, però que podria tenir un origen més antic. Quan es trasllada el poblat antic prop d'aquesta torre es comença a parlar de La Torre de Fontaubella. L'origen del nom prové de la Torre i d'Albella, forma etimològica que significa "corrent subterrani", nom adient, perquè la geologia confirma l'existència d'un riu subterrani sota la localitat.

La Torre de Fontaubella estigué vinculada des de bon principi a la Baronia dels monjos agustins d'Escornalbou, fins que l'absorció per la mitra de les rendes de la Baronia féu que les de la Torre s'apliquessin al Seminari Conciliar de Tarragona des del segle XVI.

Des del segle XVII participà com a membre de la Comuna del Camp i es reafermà com a partidari de l'arxiduc Carles, l'any 1710, en una de les darreres reunions comuneres fetes al llarg de la guerra.

El veïnatge fou des de sempre bastant reduït. Un augment important tingué lloc a la segona meitat del s. XIX. El desastre de la fil.loxera fa devallar la població fins a uns límits que actualment es poden considerar de supervivència.

Cal esmentar que l'any 1955 la Diputació li concedí els beneficis del "dia del Municipi Rural", la qual cosa fa que, actualment, malgrat ser un poble molt petit, sigui un dels més ben atesos de la comarca.